Τα υπόγεια νερά του υδροφόρου ορίζοντα της Θεσπρωτίας, όπως προκύπτει από τα στοιχεία της πρόσφατης αναθεώρησης του Σχεδίου Διαχείρισης του Υδάτινου δυναμικού της περιοχής, είναι άφθονα και σε καλή κατάσταση. Σύμφωνα με τους επιστήμονες η ποιότητα του υπόγειου νερού είναι συνάρτηση πολλών παραγόντων. Τόσο τα υπόγεια
νερά όσο και τα επιφανειακά περιέχουν διαλυμένα άλατα, αφού έρχονται σε επαφή με
διάφορα πετρώματα που περιέχουν ευδιάλυτα άλατα. Ο τύπος και η συγκέντρωση των
αλάτων εξαρτάται από το περιβάλλον, την κίνηση και την προέλευση του νερού. Τα υπόγεια
νερά συγκρινόμενα με τα επιφανειακά, περιέχουν μεγαλύτερες ποσότητες διαλυμένων
αλάτων, γιατί η ταχύτητα του υπόγειου νερού είναι συνήθως πολύ μικρότερη από αυτή των
επιφανειακών. Έτσι το υπόγειο νερό έρχεται σε επαφή με τα πετρώματα για μεγαλύτερο
χρονικό διάστημα και ως εκ τούτου υπάρχει η δυνατότητα να διαλύσει περισσότερα ορυκτά
των πετρωμάτων. Η ποσότητα και ο τύπος των διαλυμένων ορυκτών εξαρτώνται από τη
χημική σύσταση και τη φυσική δομή των πετρωμάτων, καθώς και από το πεχά (pH) του νερού.
Η ποιότητα του υπόγειου νερού είναι το ίδιο σημαντική όσο και η ποσότητα. Για να
καθoριστεί η ποιότητα τιυ νερού, θα πρέπει να είναι γνωστά τα φυσικά, τα χημικά, τα
βιολογικά και ραδιενεργά χαρακτηριστικά του. Η ποιότητα όμως του νερού είναι
συνάρτηση της χρήσης του, π.χ ένα νερό μπορεί να είναι ακατάλληλο για ύδρευση αλλά
μπορεί να είναι κατάλληλο για άρδευση.
Για τον καθορισμό της ποιότητας του νερού γίνονται διάφορες αναλύσεις και μετρήσεις.
Με αυτές προσδιορίζονται οι συγκεντρώσεις των διαφόρων ιόντων και στοιχείων, το πεχά (pH), η
ειδική ηλεκτρική αγωγιμότητα, το δυναμικό οξειδοαναγωγής, η αλκαλικότητα, ή οξύτητα, η
σκληρότητα, η θερμοκρασία, το χρώμα, η θολότητα, η οσμή, η γεύση και η παρουσία
βακρηριδίων ή παθογόνων οργανισμών.
Τα στοιχεία που συγκεντρώνονται από τις παραπάνω αναλύσεις καθορίζουν όχι μόνο την
ποιότητα του νερού αλλά μας επιτρέπουν να διερευνήσουμε την πορεία που ακολούθησε το
νερό και απέκτησε την συγκεκριμένη ποιότητα.
Ο τεχνικά προκαλούμενος υποβιβασμός της ποιότητας του υπόγειου νερού, ονομάζεται
ρύπανση του νερού. Όταν αυτή συνδέεται με κινδύνους στην υγεία του ανθρώπου, τότε
ονομάζεται μόλυνση.Οι κυριότερες πηγές υποβιβασμού της ποιότητας του υπόγειου νερού είναι οι διαρροές
από υπονόμους, αγωγούς και βόθρους, τα υγρά και στερεά απόβλητα (βοθρολύματα,
σκουπίδια), τα βιομηχανικά απόβλητα, τα φυτοφάρμακα, λιπάσματα και βελτιωτικά εδαφών,
τα απορρίματα ζώων, τα αποθηκευμένα τοξικά προϊόντα, και μια σειρά από άλλες
ανεξέλεγκτες ανθρώπινες δραστηριότητες.
Τα ρυπαντικά στοιχεία στο υπόγειο νερό τείνουν να απομακρυνθούν ή να ελλατωθούν σε
σχέση με το χρόνο και την απόσταση που διανύουν. Πολύπλοκοι μηχανισμοί και αντιδράσεις
που περιλαμβάνουν τη διύλιση, την προσρόφηση, την απορρόφηση, την ιοντοαναταλλαγή, τη
διάχυση, την αραίωση μικροβιολογικές αποσυνθέσεις κ.α. συντελούν στον περιορισμό της
ρύπανσης. Το μέγεθος του περιορισμού της ρύπανσης εξαρτάται από το είδος του ρύποθ και
τις τοπικές υδρογεωλογικές συνθήκες. το υπόγειο νερό φιλοξενείται μέσα στα διάφορα πετρώματα. Η συμπεριφορά των πετρωμάτων απέναντι στο νερό διαφέρει από πέτρωμα σε πέτρωμα.
Έτσι άλλα πετρώματα επιτρέπουν σχετικά εύκολα την κίνηση και αποθήκευση του νερού
μέσα στη μάζα τους, οπότε κάνουμε λόγο για υδροπερατά πετρώματα, αλλά επιτρέπουν
δυσκολότερα την κίνηση του νερού μέσα τους, οπότε μιλάμε για ημιπερατά πετρώματα, και
άλλα δεν επιτρέπουν την κίνηση του νερού, οπότε μιλάμε για αδιαπέρατα ή υδατοστεγή
πετρώματα.
Επομένως το υπόγειο νερό βρίσκεται μέσα στα λιγότερο ή περισσότερο διαπερατά
πετρώματα (ή γεωλογικούς σχηματισμούς). Τα κύρια χαρακτηριστικά των υδροφόρων οριζόντων είναι η ικανότητά τους να
αποθηκεύουν νερό και να μεταβιβάζουν νερό (δηλ, να επιτρέπουν την κίνηση του νερού
μέσα στη μάζα τους).