Αθωώθηκε για την υπόθεση Βατοπεδίου και ο Θεσπρωτός μοναχός Αρσένιος, προϊστάμενος της Μονής. Σχετικά με την κατηγορία που αντιμετώπιζαν ο ηγούμενος της Μονής Βατοπεδίου Εφραίμ και ο μοναχός Αρσένιος, ως ηθικοί αυτουργοί των πράξεων των κρατικών αξιωματούχων (κυρίως στελεχών, τότε, της Κτηματικής Εταιρείας του Δημοσίου),
το δικαστήριο δέχθηκε ότι δεν προέκυψε πως έπεισαν κάποιους να παρανομήσουν, ούτε είχαν προσωπικό για αυτούς όφελος. Όλα στηρίχθηκαν σε μία ισχυρή πεποίθηση γι' αυτούς. Ότι η λίμνη και οι παραλίμνιες εκτάσεις ανήκαν στη μονή, συνεπώς οι αποφάσεις, που ελήφθησαν από τα όργανα του Δημοσίου, ήταν σύννομες. "Λάθη μπορεί να έκανα αλλά απατεώνας δεν είμαι. Αγαπώ τον Θεό πάρα πολύ" , είχε πει με δάκρυα στα μάτια και ιδιαίτερα φορτισμένος ο μοναχός Αρσένιος, ενώπιον του δικαστηρίου. Απολογούμενος είχε υποστηρίξει ότι πρόθεση τους ήταν να διασφαλίσουν τα συμφέροντα της Μονής και πως ο,τι έκαναν το έκαναν με συμβιβαστική διάθεση. Πιάνοντας το νήμα από την αρχή, αφού περιέγραψε τη πορεία του μέχρι να γίνει μοναχός, είπε ότι μετά και από προτροπή του Πατριάρχη πήγαν σε γνωμοδοτικό συμβούλιο για να βρεθεί μία συμβιβαστική λύση για την περιουσία της Μονής".
το δικαστήριο δέχθηκε ότι δεν προέκυψε πως έπεισαν κάποιους να παρανομήσουν, ούτε είχαν προσωπικό για αυτούς όφελος. Όλα στηρίχθηκαν σε μία ισχυρή πεποίθηση γι' αυτούς. Ότι η λίμνη και οι παραλίμνιες εκτάσεις ανήκαν στη μονή, συνεπώς οι αποφάσεις, που ελήφθησαν από τα όργανα του Δημοσίου, ήταν σύννομες. "Λάθη μπορεί να έκανα αλλά απατεώνας δεν είμαι. Αγαπώ τον Θεό πάρα πολύ" , είχε πει με δάκρυα στα μάτια και ιδιαίτερα φορτισμένος ο μοναχός Αρσένιος, ενώπιον του δικαστηρίου. Απολογούμενος είχε υποστηρίξει ότι πρόθεση τους ήταν να διασφαλίσουν τα συμφέροντα της Μονής και πως ο,τι έκαναν το έκαναν με συμβιβαστική διάθεση. Πιάνοντας το νήμα από την αρχή, αφού περιέγραψε τη πορεία του μέχρι να γίνει μοναχός, είπε ότι μετά και από προτροπή του Πατριάρχη πήγαν σε γνωμοδοτικό συμβούλιο για να βρεθεί μία συμβιβαστική λύση για την περιουσία της Μονής".