Ο τοιχογραφικός διάκοσμος του ναού της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα στην Πλακωτή, συνδέεται εικονογραφικά με τη βυζαντινή τέχνη της Κάτω Ιταλίας και των νησιών του Ιουνίου. Ωστόσο, σε πολύ λίγα τμήματα του ιερού και στους ανατολικούς τοίχους της βόρειας και της νότιας κεραίας υπάρχει μεταγενέστερο ζωγραφικό στρώμα,
που χρονολογείται γύρο στον 15ο αιώνα. Στις γνωστές από το παρελθόν αγιογραφίες, προστέθηκαν και νέες, μετά τις πρόσφατες σωστικές εργασίες, που έγιναν στο ναό. Στον κυρίως ναό, αριστερά, σημαντική είναι η αποκάλυψη ολόσωμης της Παναγίας, πιθανώς από παράσταση δέησης, καθώς και παλιάς διακοσμητικής ζώνης με ανθυφυτικό διάκοσμο.