Σύμφωνα με σχέδιο της υλοποίησης της συμφωνίας κυβέρνησης και Εκκηλσίας οι κληρικοί και οι λαϊκοί υπάλληλοι της Εκκλησίας παραμένουν στο Δημόσιο, διασφαλίζοντας απολύτως το υπηρεσιακό, εργασιακό, μισθολογικό και ασφαλιστικό καθεστώς, όπως και το σύνολο των εργασιακών, ασφαλιστικών, συνταξιοδοτικών και κάθε είδους δικαιωμάτων του εφημεριακού κλήρου και του λοιπού προσωπικού. Ταυτόχρονα ιδρύεται το Ταμείο Μισθοδοσίας της Εκκλησίας της Ελλάδος με λογαριασμό τηρούμενο στην Τράπεζα της Ελλάδος, το οποίο θα διαχειρίζεται τη μισθοδοσία. Στο Ταμείο Μισθοδοσίας καταβάλλεται ετησίως από το κράτος, σε αναγνώριση των υποχρεώσεων, που απορρέουν από τη Συμφωνία, η δαπάνη μισθοδοσίας του αριθμού των σήμερα μισθοδοτούμενων κληρικών της Εκκλησίας της Ελλάδος. Προβλέπεται πρόσθετη δυνατότητα μισθοδοσίας περαιτέρω αριθμού κληρικών με δαπάνες της Εκκλησίας. Η καταβολή της μισθοδοσίας ενεργείται δια της Ενιαίας Αρχής Πληρωμής. Δεν επηρεάζονται οι συνταξιούχοι κληρικοί. Η καταβολή των αποδοχών γίνεται την ίδια ημέρα και κατά τον ίδιο τρόπο, που προβλέπεται από τις κείμενες διατάξεις για τη μισθοδοσία των δημοσίων υπαλλήλων, οι οποίες είναι αναλόγως εφαρμοστέες και στο Ταμείο Μισθοδοσίας. Οι λογαριασμοί του Ταμείου ελέγχονται σε ετήσια βάση απολογιστικά από το Ελεγκτικό Συνέδριο.
Ταμείο Αξιοποίησης Εκκλησιαστικής Περιουσίας
Συνιστάται ανώνυμη εταιρεία με την επωνυμία «Ταμείο Αξιοποίησης Εκκλησιαστικής Περιουσίας Ανώνυμη Εταιρεία» και διακριτικό τίτλο «Ταμείο Αξιοποίησης Εκκλησιαστικής Περιουσίας - ΤΑΕΠ». Στο Ταμείο ανατίθεται η διοίκηση, διαχείριση και αξιοποίηση (χωρίς εξουσία διάθεσης) των περιουσιακών στοιχείων των οποίων η κυριότητα ή άλλο εμπράγματο δικαίωμα αμφισβητείται, από το έτος 1952 και εφεξής, μεταξύ του Ελληνικού Δημοσίου και των νομικών προσώπων της Εκκλησίας της Ελλάδος. Στο Ταμείο μπορεί επίσης να ανατεθεί η διοίκηση, διαχείριση και αξιοποίηση και μη αμφισβητούμενων περιουσιακών στοιχείων, των οποίων η κυριότητα ή άλλο εμπράγματο δικαίωμα ανήκει σε νομικό πρόσωπο της Εκκλησίας της Ελλάδος, μετά από σύναψη σύμβασης με αυτό. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και Οικονομικών, η οποία εκδίδεται μετά από γνώμη της Ιεράς Συνόδου της Ιεραρχίας, συγκροτείται επιτροπή για την καταγραφή των διαμφισβητούμενων περιουσιακών στοιχείων. Το Διοικητικό Συμβούλιο του Ταμείου είναι πενταμελές και ορίζεται με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης των μετόχων για θητεία πέντε (5) ετών, που μπορεί να ανανεώνεται για ίσο χρονικό διάστημα. Ανά δύο (2) μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου υποδεικνύουν καθένας από τους μετόχους του Ταμείου, Ελληνικό Δημόσιο και Εκκλησία της Ελλάδος, και ένα (1) μέλος, το οποίο ορίζεται ως Πρόεδρος και Διευθύνων Σύμβουλος, υποδεικνύεται από κοινού από το Ελληνικό Δημόσιο και την Εκκλησία της Ελλάδος. Τα έσοδα του Ταμείου από τη διαχείριση κάθε περιουσιακού στοιχείου, μετά την αφαίρεση των λειτουργικών δαπανών διαχείρισης και μετά τη δημιουργία αποθεματικού σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις, αποδίδονται κατά ποσοστό 50% στο Ελληνικό Δημόσιο και κατά ποσοστό 50% στο νομικό πρόσωπο το οποίο εισέφερε το περιουσιακό στοιχείο.