Από τη Θεσπρωτία οι Έλληνες μετοίκησαν στη Θεσσαλία και στην υπόλοιπη Ελλάδα. Στα κείμενα των αρχαίων συγγραφέων η ιστορική αλήθεια καλύπτεται από τον μύθο, ωστόσο αποδεικνύεται ιστορικά ότι η Θεσπρωτία είναι η κοιτίδα του Ελληνισμού. Άλλωστε μία από τις σπουδαιότερες προϊστορικές πολιτείες της ήταν η Έλλα.
Η εμφάνιση του ανθρώπου στο θεσπρωτικό χώρο ανάγεται στην Παλαιολιθική Περίοδο. Τα πολυπληθή ευρήματα των πρόσφατων αρχαιολογικών ερευνών στην περιοχή του Ελευθεροχωρίου, βόρεια της Παραμυθιάς, επιβεβαιώνουν την παρουσία του προϊστορικού ανθρώπου στο θεσπρωτικό χώρο κατά τη Μέση ( 250.000-35.000 π.Χ.) και Νεώτερη ( 35.00-9.000 π.Χ.). Κατά τη Νεολιθική Περίοδο ( 9.000-28.0 π.Χ.) έχει διαπιστωθεί ανθρώπινη εγκατάσταση στις σπηλιές της Ψάκας και της Σίδερης καθώς και σε διάφορες περιοχές της κοιλάδας του Κωκυτού: Αρχαιολογικά επιβεβαιωμένη είναι η αραιή μεν αλλά συνεχής παρουσία προελληνικών φύλων στο Θεσπρωτικό χώρο στην πρώιμη εποχή του Χαλκού (3 π.Χ. χιλιετία), όπως ονομάζεται η αμέσως επόμενη πολιτιστική περίοδος. Στο τέλος της Πρώιμης Χαλκοκρατίας (2.000 π.Χ. περίπου) τοποθετείται η ειρηνική εγκατάσταση των πρώτων ελληνόφωνων φύλων, των Ελλήνων Θεσπρωτών, στη Θεσπρωτία και εν γένει σε ολόκληρη την Ήπειρο.
Κατά τη διάρκεια της Ύστερης Χαλκοκρατίας (14ο-13οπ.Χ. αι.), μυκηναίοι άποικοι από τη Δυτική Πελοπόννησο φτάνουν μέχρι τους νοτιότερους όρμους της Θεσπρωτίας, ιδρύοντας οχυρωμένες εγκαταστάσεις κατά το πρότυπο των μυκηναϊκών ακροπόλεων της νότιας Ελλάδας: την Εφύρα στις εκβολές του Αχέροντα και την προϊστορική Τορύνη στον όρμο του Λυχνού, στην περιοχή της Κίπερης. Κατά τη διάρκεια της μετακίνησης προς νότο των βορειοδυτικών ελληνικών φύλων περισσότερο γνωστής ως «Κάθοδος των Δωριέων» ( 1.100 π.Χ.), εγχώρια θεσπρωτικά φύλα μετανάστευσαν προς τη Θεσσαλία και τη νότια Ελλάδα. Την ίδια περίοδο οι Μολοσσοί περιορίζοντας τους Θεσπρωτούς δυτικά της πεδιάδας των Ιωαννίνων.
Οι ευελίμενες ακτές της Θεσπρωτίας και η πρόσφορη θέση της ως προς την Ιταλία και την Αδριατική (Πολύβιος: «πρόκεινται της Ελλάδος προς την Ιταλία») μετά από τους Μυκηναίους κίνησαν και το ενδιαφέρον των νοτίων Ελλήνων των ιστορικών χρόνων.
Ο αποικισμός των Ηλείων τον 8 αι. π.Χ. και των Κορινθίων και Κερκυραίων τον 7ο και 6ο π.Χ. από τον Αμβρακικό μέχρι την Επίδαμνο, επέφερε την επανασύνδεση των σχέσεων της Ηπείρου με τη Ν.Ελλάδα. Στις αρχές του 4ου π.Χ. αι. οι Μολοσσοί προσαρτίζουν τη Δωδώνη, την Κασσωπαία και γενικά ολόκληρη την ανατολική Θεσπρωτία, περιορίζοντας την εδαφική επικράτεια των Θεσπρωτών, οι οποίοι αν και επεκτάθηκαν στην Νότια Κεστρίνη, δεν είναι σε θέση να συναγωνιστούν τους Μολοσσούς και, πιθανότατα, υποχρεώνονται να προσχωρήσουν στο Κοινό των Μολοσσών ή στην Συμμαχία των Ηπειρωτικών που συστήνεται το 333/323 π.Χ. από τους Μολοσσούς και τους Θεσπρωτούς. Στον 4ο αι. π.Χ. τοποθετείται η ίδρυση των πρώτων οικισμών μεγέθους μιας πραγματικής πόλης. Το δεύτερο μισό του 4 αι. π.Χ. αποτελεί έναν σημαντικό σταθμό στην ιστορία της Θεσπρωτίας: οι μικρές ατείχιστες κώμες συνοικίζονται, τειχίζονται και δημιουργούνται με πλήρη οικιστική οργάνωση. Στα τέλη του 4ου το αργότερο στις αρχές του 3ου π.Χ. εντείνεται, το φαινόμενο της δημιουργίας μεγάλων οχυρών περιβόλων. Την δημιουργία των οχυρωμένων αυτών οικισμών επέβαλαν λόγοι οικονομικοί, διοικητικοί ή αμυντικοί.
Η ανάπτυξη αυτή των αστικών κέντρων θεωρείται μια από τις σημαντικότερες διαδικασίες της Θεσπρωτίας και της Ηπείρου γενικότερα μεταξύ του 4 αι. π.Χ. και της Ρωμαϊκής κατάκτησης. Η Ρωμαϊκή παρουσία, με εξαίρεση την Φωτική, ήταν αισθητή κυρίως στα παράλια της Θεσπρωτίας. Η περίφημη «Ρωμαϊκή ειρήνη» έγινε πραγματικά αισθητή στην Θεσπρωτία κατά τον 1ο και 2ο μ.Χ. αι. και μέχρι την περίοδο της μεγάλης της μεγάλης κρίσης των μέσων του 3μ.Χ. αι.
Η Ρωμαϊκή έπαυλη στη περιοχή του Λαδοχωρίου, με τις ανάγλυφες ρωμαϊκές μαρμάρινες σαρκοφάγους τα ιδιαίτερα σημαντικά ευρήματα από το Ρωμαϊκό νεκροταφείο του 3ου μ.Χ αι. στο οικόπεδο του Μουσείου Ηγουμενίτσας, ήρθαν να αποδείξουν ότι ο κόλπος της Ηγουμενίτσας, ο «έρημος λιμήν» του Θουκυδίδη, έπαιξε έναν ιδιαίτερα σημαντικό ρόλο κατά την περίοδο της ύστερης αρχαιότητας.