Θα λειτουργήσουν, σύντομα, έξι σταθμοί (από τους οποίους οι δύο στην Ήπειρο). Η τιμολόγηση θα είναι κατά 25% χαμηλότερη σε σύγκριση με τις άλλες εθνικές οδούς
Η Εγνατία Οδός βρίσκεται στην τελική ευθεία για να εγκαταστήσει σε όλο το μήκος της έξι νέους σταθμούς διοδίων - πέραν αυτού που ήδη λειτουργεί στον Πολύμυλο της Κοζάνης - σε Ηγουμενίτσα, Γιάννινα, Γρεβενά, Νυμφόπετρα, Παγγαίο και Κομοτηνή.Στη διενέργεια διαγωνισμού για τη λειτουργία των σταθμών διοδίων στην Εγνατία προχωρά την Τετάρτη 23 Μαρτίου η Εγνατία Οδός ΑΕ, με αρχικό στόχο την είσπραξη εσόδων ύψους 70 έως 90 εκατ. ευρώ για τα πρώτα χρόνια και 150 εκατ. από το 2015.
Οι σταθμοί, που έχουν προϋπολογιστεί στα 14 εκ. ευρώ, θα είναι συμβατικού τύπου και προσωρινοί, μέχρι να εγκατασταθεί και να λειτουργήσει πλήρως το ηλεκτρονικό διόδιο, με το οποίο η χρέωση θα γίνεται σε εξ ολοκλήρου διαφορετική βάση, κάτι που θα γίνει το 2012. Μάλιστα, το «τηλε-διόδιο» της Εγνατίας θα είναι συμβατό με όλους τους αυτοκινητοδρόμους με διόδια της χώρας. Η τιμολόγηση των διοδίων στην Εγνατία Οδό θα είναι κατά 25% χαμηλότερη από ότι ισχύει στους υπόλοιπους εθνικούς αυτοκινητοδρόμους, ενώ σύμφωνα με τους επιτελείς της Εγνατίας Οδού, ένα ποσό θα παρακρατείται για τη δημιουργία μικρών έργων σε όλη τη ζώνη επιρροής του νευραλγικού αυτοκινητοδρόμου.